Willy, ha vuelto. Ahora, Jesse trabaja en un barco de investigación oceanográfica preocupado por el descenso de la población de orcas junto a su menor Randolph. Allí, Jesse se reunirá junto a su fiel amigo Willy... y conocerá a Max, un chico de 10 años con quien compartirá su afición por las ballenas. Pero cuando Jesse y Max se hacen amigos descubren que su padre se dedica a la caza ilegal de ballenas y que sus próximas capturas podrían ser Willy y su familia. Con ayuda de su valentía y amistad, ambos se embarcan en una peligrosa misión para salvar a Willy.